在“文化大革命”中受迫害,1970年,以“战备疏散”为由被迁返潍坊, 于1971年12月19日在家乡潍坊逝世。1980年文化部及中央美术学院在北京八宝山革命公墓礼堂举行了“郭味蕖同志追悼会”,对其给予高度评价。
他在艺术上大胆实践,勇于创新,主张花鸟和山水相结合、白描和点染相结合、工笔和写意相结合、重彩和泼墨相结合的创作方法。他的作品立意清新,色彩秀丽,构图新颖,具有强烈的时代气息。郭味蕖是位学者型的画家。他的学术研究,包括中国美术史、金石考古、书画鉴赏、历代书画家研究、中国版画史、民间年画、中国古代建筑与雕刻、花鸟画史、花鸟画创作技法理论,以及文学、诗词、书法等诸多方面。刘曦林评说:“中西绘画两层根基,史论与实践双轨同步,是中国近、现代诸如陈师曾、黄宾虹、徐悲鸿、林风眠、刘海粟等许多大艺术家的共同道路。郭味蕖也是这条造就大师的道路上的后来者。这条画家兼学者的广采博取的道路,充实了他的学养,并使他得以从纵的历史演变及横向的对比联系中得以把握了艺术变革的规律,为其更新花鸟画艺术的观念,攀登花鸟画新高峰奠定了基石。”
1979年人民美术出版社出版 《郭味蕖画辑》,1988年出版《郭味蕖画选》。.编著出版《知鱼堂鉴古录》、《知鱼堂书画录》、《宋元明清书画家年表》,《中国版画史略》,《艺话》, 《写意花鸟画创作技法十六讲》》、《明清四画人评传》等。